CURSO LINUX Y HPC PARA GENÓMICA |2027

Acerca del programa

En la actualidad, la genómica es una herramienta clave en la producción animal y la acuicultura, permitiendo comprender y optimizar la calidad genética de las especies destinadas a distintos sistemas productivos. El curso “Linux y HPC para Genómica” está diseñado para capacitar a los participantes en el uso de herramientas avanzadas como Linux y supercomputadoras para el análisis de datos genómicos a gran escala, fomentando una toma de decisiones fundamentada en datos.

El programa abarca la aplicación de tecnologías de secuenciación masiva (NGS) y genotipificación, con un enfoque en su contribución a la mejora genética en producción animal y acuícola. Se utilizan ejemplos prácticos basados en diversos sistemas productivos, y las actividades se llevan a cabo en entornos operativos especializados como Linux y plataformas de alto rendimiento como HPC OCÉANO de la PUCV (https://hpc.pucv.cl) y Posit Cloud (https://posit.cloud). El curso integra el uso de lenguajes de programación y software especializado en genómica y bioinformática, asegurando una experiencia de aprendizaje aplicada y relevante.

OBJETIVOS DE APRENDIZAJE

Al término del curso el estudiante será capaz de:

1) Explicar los principios básicos de las tecnologías de secuenciación masiva (NGS) y de genotipificación por microarreglos aplicada en contextos de mejora genética animal y de acuicultura.

2) Realizar un pipeline de análisis genómico a partir de datos de secuenciación masiva (NGS) incluyendo el filtrado, alineamiento, mapeo a un genoma de referencia y llamado de SNP.

PLAN DE ESTUDIOS

Clase 0. Presentación de los participantes y habilitación de recursos de aprendizaje.
Clase 1. Introducción al HPC Océano y Linux para genómica.
Clase 2. Práctica linux para genómica.
Clase 3. Técnicas de secuenciación masiva.
Clase 4. Análisis de secuencias cortas NGS y control de calidad.
Clase 5. Alineamiento-Mapeo a genoma de referencia.
Clase 6. Identificación de variantes genéticas en datos de secuenciación NGS.
Clase 7. Exploración y visualización de variantes genéticas desde datos de secuenciación NGS.
Clase 8. Genotipificación por RAD-seq para especies sin genoma de referencia (de novo).
Clase 9. Exploración y visualización de variantes genéticas desde datos de RAD-seq.
Clase 10. Genotipificación por microarreglos con Software Axiom Analysis Suite.

REQUISITOS DE CONOCIMIENTOS TEÓRICOS Y COMPETENCIAS PRÁCTICAS

Programación (Deseable): Este curso está diseñado para participantes con conocimientos básicos en programación con R y Shell de Unix. Sin embargo, aquellos que no cuenten con estas habilidades tendrán la oportunidad de adquirirlas a lo largo del curso, lo que les permitirá desarrollar una comprensión avanzada de los temas abordados.

Hardware y software: Es indispensable que cada participante disponga de una computadora personal con acceso a internet. Además, será necesario instalar dos programas de software para garantizar una conexión segura (https://www.putty.org) y realizar transferencias de archivos (https://cyberduck.io) al sistema de cómputo de alto rendimiento (HPC) Océano de la PUCV. Adicionalmente, tres programas de la clase 8 y 9 solo están disponibles en sistema operativo Windows y tienen requerimientos específicos. Software Axiom Analysis Suite: Sistemas operativos Microsoft Windows 10 (64 bits) Professional y sistemas Quad Core de 2.83 GHz con una memoria RAM recomendada de 32 GB.

Inglés: Todos los programas de software y los códigos de programación que se utilizarán en el curso están disponibles únicamente en inglés. Por lo tanto, los estudiantes que no tengan conocimientos de lectura en inglés no deberían inscribirse en este curso.

VALOR CURSO Y MATRÍCULAS

Valor curso: CLP$ 400.000; (US$400 dólares americanos).
Inscripciones abiertas
Formas de pago: Contado, tarjetas de crédito y orden de compra empresas
Matrículas chilenos o residentes sin beca aquí: Hasta 31 de marzo del 2027 o completar cupos.
Consultas: genomica.aplicada@pucv.cl

BECAS

Las becas son individuales, no son transferibles a otras personas o cursos, las becas no son acumulables.
Beca ALUMNI PUCV (CHILE): Incluye Beca equivalente al 10% para ex alumnos graduados de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso. Para acceder a esta beca envíanos tus datos en el botón POSTULAR.
Beca para FUNCIONARIO PÚBLICO O ALUMNO DE POSTGRADO (CHILE): Incluye Beca equivalente al 15% de descuento para funcionarios de instituciones públicas o estatales chilenas y para alumnos de postgrado chilenos o extranjeros con residencia en Chile. Para acceder a esta beca envíanos tus datos en el botón POSTULAR.
Beca para ALUMNOS EXTRANJEROS: Incluye Beca equivalente al 15% de descuento para alumnos extranjeros sin residencia en Chile. Matricúlate aquí (beca incluida): Hasta 31 de marzo del 2027 o completar cupos.

ASISTENCIA Y CERTIFICACIÓN

Se entregará certificación de PARTICIPACIÓN del curso a los alumnos que alcancen un 80% de asistencia a las clases sincrónicas. La certificación oficial de PARTICIPACIÓN del curso se entregará 2 o 3 semanas después de finalizar el curso.

¿DÓNDE TRABAJAN LOS GRADUADOS DE NUESTROS CURSOS Y DIPLOMADOS?

CHILE: ADL Diagnostic, Antufen Seeds, Aquabench, Aquachile, AquaGen, Austral-Omics, Blue Genomics Chile, Cargill Aqua Nutrition, Benchmark Genetics Chile SPA, Cargill Innovation Center, Cermaq, CESSO E.I.R.L., Centro IDEAL, Centro de entomología aplicada Ltda, Centro de Genómica Nutricional Agroacuícola, Consultores independientes, Electroarnez, Empresas Aquachile, Fraunhofer Chile, Fundación Ciencia y Vida, Farmacología en Aquacultura Veterinaria FAV S.A., Inacap, Instituto de Desarrollo Agropecuario (INDAP), Instituto de Investigaciones Agropecuarias de Chile (INIA), Invermar, Liceo Carmen Rodriguez Henriquez de Tongoy, MSD Salud Animal, ML Agroservicios, Mowi, MultiX, Salmones Antártica, Salmones Aysen, Salmones Blumar, Salmones Camanchaca, Salmones de Chile, Sernapesca, TAAG Genetics, Universidad Andrés Bello, U. Adolfo Ibáñez, U. Arturo Prat, U. de Chile, U. de los Lagos, U. de Antofagasta, U. del Alba, U. de Atacama, U. Austral de Chile, U. Católica de Temuco, U. Católica del Norte, Universidad San Sebastián, U. Santo Tomás, U. de la Frontera, U. de Valparaíso, U. de Talca, Universidad Técnica Federico Santa María, U. de Magallanes, U. de O’Higgins, U. de Playa Ancha, U. tecnológica Metropolitana, Pontificia Universidad Católica de Chile, Solver, Vitapro Chile, WSP Ambiental.

INTERNACIONAL: Argentina: Universidad de Buenos Aires, Ministerio de Producción y Agroindustria de la Provincia de Río Negro; Experimental Agroindustrial Obispo Colombres (CONICET); Bolivia: Consultor independiente, Universidad Mayor de San Andrés; Brasil: Universidad de São Paulo, Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais; Canadá: Consultor independiente; Colombia: AGROSAVIA, U. Francisco de Paula Santander, Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca-Colombia, Universidad de La Sabana; Dubai: Pure Salmon; Ecuador: Agrantech, Alimentsa, Biomar, Cargill, GrupoAlmar, Hendrix Genetics, Holstein Ecuador, La Chamecita S.A.S., Produmar, Centro de Investigación Marina y Acuícola (CENAIM), Escuela Superior Politécnica del Litoral, Escuela Superior Politécnica Agropecuaria de Manabí, Ministerio de Agricultura y Ganadería, Universidad Estatal del Sur de Manabí, Universidad Estatal Amazónica, Universidad de Camagüey; Honduras: Universidad Nacional Autónoma de Honduras; España: Apeel Sciences Spain SL; México: Laboratorio Estatal de Salud Pública (LESP), Universidad de Nariño, Universidad Autonoma de Coahuila, U. Autónoma de Nayarit, Colegio de Postgraduados (Colpos), Laboratorios Vitalab, Universidad Nacional Autónoma de México, Instituto Politécnico Nacional-CIIDIR Sinaloa, Instituto de Salud del Estado de Chiapas, Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR); Nueva Zelanda: New Zealand King Salmon; Perú: Instituto Nacional de Salud, Instituto Nacional de Innovación Agraria, Consultor independiente, Universidad Científica del Sur, Universidad Nacional Agraria La Molina, U. Nacional Jorge Basadre Grohmann, Universidad Nacional de Trujillo, Universidad del Tolima, Universidad Nacional del Altiplano, Universidad Nacional del Callao, Universidad Nacional del Santa, Universidad Nacional San Cristóbal de Huamanga; Organismo Nacional de Sanidad Pesquera y Acuícola; POOLFARM, PROGENETICS PERU EILR; Uruguay: Universidad de la República.