El curso tiene como objetivo proporcionar una primera aproximación a los modelos jerárquicos aplicados a datos espacialmente referenciados, donde el efecto aleatorio presenta una estructura de dependencia espacial bien definida. Durante las sesiones, se explicará la teoría y se presentarán ejemplos aplicados a datos referenciados en un espacio continuo delimitado. Dado que estos modelos pueden incorporar otros tipos de efectos lineales/no lineales y son demandantes en términos de computo, se utilizará el software de modelado Template Model Builder (TMB).

Este software permite:
a) Aproximar el efecto aleatorio espacial mediante la aproximación de Laplace.
b) Calcular las primeras y segundas derivadas mediante diferenciación automática.

Dado lo anterior, TMB permite una computación casi en condiciones óptimas para modelos con estructuras complejas, utilizando a su vez, un template en C++ para compilar los modelos y así ser utilizados directamente en R.

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El curso "Introducción a los Estudios de Asociación Genómica y Predicción Genómica en Animales" tiene como objetivo proporcionar a los participantes una comprensión básica de las técnicas genómicas más utilizadas en mejoramiento genético animal. En este curso, los estudiantes explorarán los fundamentos de los estudios de asociación genómica (GWAS), que buscan identificar variantes genéticas asociadas con rasgos específicos de interés económico en producción animal y acuicultura. Además, el curso introducirá a los alumnos en la predicción genómica, una poderosa herramienta ampliamente utilizada en la selección de reproductores. Esta técnica se basa en usar la información genómica y fenotípica de los animales para estimar el valor genético de los individuos. Los estudiantes aprenderán a distinguir entre modelos predictivos clásicos como el GBLUP y métodos modernos basados en algoritmos de aprendizaje automático como árboles de decisión o bosques aleatorios.
Este curso combinará 4 sesiones teóricas con 4 clases de ejercicios prácticos brindando a los participantes una experiencia integral. Las sesiones prácticas se realizarán con Rstudio y con el super computador Océano de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (https://hpcoceano.pucv.cl). Se destaca la relevancia de estas técnicas en la mejora de la productividad, salud y sostenibilidad en los recursos genéticos animales.

FECHA DE POSTULACIÓN Y REQUISITOS
Postulación a becas de postgrado y matrículas hasta el 05 de enero de 2025 o hasta completar cupos. https://genomics.pucv.cl/gwas
Consultas: genomica.aplicada@pucv.cl
• Los participantes deben acreditar conocimientos básicos de programación con lenguaje R y Linux. Alumnos sin experiencia en programación, no deberían tomar el curso.
• Los participantes deben tener una computadora personal y acceso a internet. No se requiere instalar ningún software en la computadora de los alumnos.
• Todos los softwares a utilizar y los códigos de programación solo están disponibles en inglés. Alumnos sin conocimientos de lectura en inglés no deben tomar el curso.

La 3ra versión del curso "Análisis de expresión diferencial de genes e investigación reproducible con R" es una oportunidad única para adentrarse en el fascinante campo de la biología molecular y el análisis de expresión génica usando la tecnología de PCR cuantitativo. Diseñado para investigadores, estudiantes y profesionales de las ciencias biológicas, este curso proporcionará las habilidades y conocimientos necesarios para llevar a cabo análisis de expresión diferencial de genes de manera reproducible utilizando el lenguaje de programación R. En este curso aprenderás las bases y fundamentos de la extracción de ARN y como diseñar tus propios cebadores.
También conocerás los requerimientos más importantes para ejecutar una buena PCR en tiempo real y realizar un análisis de expresión diferencial de genes basado en los métodos más populares: Delta-Delta Ct y Pfaffl. En el marco del paradigma de la Investigación Reproducible, aprenderás a programar y automatizar con R desde el análisis de control de calidad del ARN, hasta el análisis estadístico y la elaboración de gráficas para publicación. Entre las técnicas estadísticas que se revisan en el curso destacan las técnicas clásicas de inferencia estadística incluyendo las principales pruebas paramétricas y no paramétricas, con los que podrás descubrir y comparar patrones de expresión de genes en tus experimentos

Al término de la actividad el estudiante será capaz de:
Consolidar conocimientos disciplinares biológicos para su posterior aplicación en contextos escolares.

En este curso avanzado, los estudiantes explorarán los fundamentos de los estudios de asociación genómica (GWAS), que buscan identificar variantes genéticas asociadas con rasgos específicos de interés económico en producción animal y acuicultura. Además, el curso introducirá a los alumnos en los análisis de predicción genómica, una poderosa herramienta ampliamente utilizada en la selección de reproductores. Esta técnica se basa en usar la información genómica y fenotípica de los animales para estimar el valor genético de los individuos. Los estudiantes aprenderán a distinguir entre modelos predictivos clásicos como el GBLUP y métodos modernos basados en algoritmos de aprendizaje automático como árboles de decisión o bosques aleatorios.
Este curso combinará sesiones teóricas con clases de ejercicios prácticos brindando a los participantes una experiencia integral. Las sesiones prácticas se realizarán con Rstudio y con el super computador Océano de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (https://hpcoceano.pucv.cl). Se destaca la relevancia de estas técnicas en la mejora de la productividad, salud y sostenibilidad en los recursos genéticos animales.

Este diplomado de posgrado está diseñado para proporcionar un entendimiento integral y práctico de los principios de la cría selectiva en animales de granja y en acuicultura. A lo largo del programa, los estudiantes adquirirán competencias avanzadas para diseñar y desarrollar proyectos de análisis genético y genómico, abarcando tanto caracteres de herencia mendeliana como caracteres poligénicos o cuantitativos.
El programa abarca la estimación de parámetros genéticos clave, como el coeficiente de parentesco y la endogamia, tanto a nivel individual como de poblaciones completas. Además, los participantes aprenderán a llevar a cabo estudios de asociación genómica (GWAS) en rasgos de importancia económica mediante el uso de Polimorfismos de Nucleótido Simple (SNP). Se abordará también la predicción del valor genético de reproductores y su selección, empleando tanto métodos clásicos como herramientas modernas de machine learning.
Los contenidos se ilustran con ejemplos de distintos sistemas de producción animal y acuícola, y las actividades prácticas se desarrollan principalmente en el entorno operativo Linux, utilizando lenguajes de programación como R y Python, así como otras plataformas y software especializados en genómica y bioinformática. Parte del trabajo práctico se realizará en la plataforma Posit Cloud (https://posit.cloud) y en el sistema de computación de alto rendimiento HPC OCÉANO de la PUCV (https://hpcoceano.pucv.cl).

En la era moderna de la producción animal y de acuicultura, la genómica emerge como una poderosa herramienta que transforma radicalmente nuestra capacidad para entender y mejorar la calidad genética de las especies criadas para diversos fines. En esta unidad, exploraremos cómo la genómica se aplica a la producción animal, aprovechando herramientas tecnológicas como Linux, Python y supercomputadoras para analizar datos genómicos a gran escala y tomar decisiones con base a los datos. Se profundiza en la aplicación de tecnologías de secuenciación masiva (NGS) y genotipificación en mejora genética animal y de acuicultura. Los contenidos se ilustran con ejemplos de distintos sistemas de producción animal y acuícola, y las actividades prácticas se desarrollan principalmente en el entorno operativo Linux, utilizando lenguajes de programación como R y Python, así como otras plataformas y software especializados en genómica y bioinformática. Parte del trabajo práctico se realizará en la plataforma Posit Cloud (https://posit.cloud) y en el sistema de computación de alto rendimiento HPC OCÉANO de la PUCV (https://hpcoceano.pucv.cl).

En la búsqueda constante por optimizar la producción, la calidad y la sostenibilidad en la industria de producción animal y de acuicultura, la mejora genética de rasgos de importancia económica destaca como una herramienta fundamental. En este curso exploraremos cómo la selección y el mejoramiento genético pueden transformar las características de importancia económica tanto en animales de granja como de acuicultura, potenciando así la producción de alimentos y el manejo eficiente de recursos naturales. El curso abarca la estimación de parámetros genéticos clave, como el coeficiente de parentesco y la endogamia, tanto a nivel individual como de poblaciones completas. Los contenidos se ilustran con ejemplos
de distintos sistemas de producción animal y acuícola, y las actividades prácticas se desarrollan principalmente utilizando lenguajes de programación como R en la plataforma Posit Cloud (https://posit.cloud).