CURSO LINUX Y HPC PARA GENÓMICA
En la era moderna de la producción animal y de acuicultura, la genómica emerge como una poderosa herramienta que transforma radicalmente nuestra capacidad para entender y mejorar la calidad genética de las especies criadas para diversos fines. En esta unidad, exploraremos cómo la genómica se aplica a la producción animal, aprovechando herramientas tecnológicas como Linux, Python y supercomputadoras para analizar datos genómicos a gran escala y tomar decisiones con base a los datos. Se profundiza en la aplicación de tecnologías de secuenciación masiva (NGS) y genotipificación en mejora genética animal y de acuicultura. Los contenidos se ilustran con ejemplos de distintos sistemas de producción animal y acuícola, y las actividades prácticas se desarrollan principalmente en el entorno operativo Linux, utilizando lenguajes de programación como R y Python, así como otras plataformas y software especializados en genómica y bioinformática. Parte del trabajo práctico se realizará en la plataforma Posit Cloud (https://posit.cloud) y en el sistema de computación de alto rendimiento HPC OCÉANO de la PUCV (https://hpcoceano.pucv.cl).
Dirigido a
Profesionales, graduados o investigadores interesados en la mejora genética y la genómica aplicada a la producción animal y a la acuicultura.
REQUISITOS DE POSTULACIÓN
Programación (Deseable): Este curso está diseñado para participantes con conocimientos básicos en programación con R y Shell de Unix. Sin embargo, aquellos que no cuenten con estas habilidades tendrán la oportunidad de adquirirlas a lo largo del curso, lo que les permitirá desarrollar una comprensión avanzada de los temas abordados.
Hardware y software: Es indispensable que cada participante disponga de una computadora personal con acceso a internet. Además, será necesario instalar dos programas de software para garantizar una conexión segura (https://www.putty.org) y realizar transferencias de archivos (https://cyberduck.io) al sistema de cómputo de alto rendimiento (HPC) Océano de la PUCV. Adicionalmente, tres programas de la clase 8 y 9 solo están disponibles en sistema operativo Windows y tienen requerimientos específicos. Software Axiom Analysis Suite: Sistemas operativos Microsoft Windows 10 (64 bits) Professional y sistemas Quad Core de 2.83 GHz con una memoria RAM recomendada de 32 GB. GenomeStudio: velocidad de CPU de 2.0 GHz o superior, procesador de 64 bits, memoria de 8 GB o más, disco duro de 250 GB o mayor, sistema operativo Windows 7 o superior. Transcriptome Analysis Console (TAC): Sistema operativo: Microsoft Windows® 10 (64 bits) Professional; CPU: Intel Pentium 4X 2.83 GHz (procesador Quad Core); Memoria (RAM): 8 GB; Espacio en disco duro: 150 GB.
Inglés: Todos los programas de software y los códigos de programación que se utilizarán en el curso están disponibles únicamente en inglés. Por lo tanto, los estudiantes que no tengan conocimientos de lectura en inglés no deberían inscribirse en este curso.
